碳铵（碳酸氢铵）和尿素在水产养殖中的主要区别在于它们的作用机理、肥效速度、吸收转化方式、使用方法和价格等方面：

1，作用机理和肥效速度：

碳铵属于速效性肥料，其肥效速度比尿素快。碳铵分解时产生氨气，可以促进藻类生长，提高水体透明度，从而改善水质。

尿素分解时产生氨气，可以起到增氧作用，有利于提高水质和鱼类生长。但尿素中的氮元素需要转化为铵态氮才能被作物吸收利用，肥效速度属于中速。

2，吸收转化方式：

碳铵施到土壤里面后会以铵态氮的形态存在土壤里面，可以被根系直接吸收。而尿素施到土壤后必须要通过一段时间才可以转化。

3，使用方法：

碳铵使用时需要将其溶解，向水中直接投入即可。常用浓度为每千克水加入2-3克碳酸氢铵。

尿素使用时需要将其稀释，常用浓度为0.1%-0.3%，将其均匀地撒在池塘中。

4，价格：

碳铵的价格要低得多，效果却十分显著。

尿素的价格相对较高。

5，水中使用安全：

碳铵可以分解为NH3、CO2和H2O，三种气体，所以也称为气肥。分解以后不产生有害的中间产物和最终产物，长期使用，不影响土质。

尿素在土壤中的转化速度比较慢，用肥后需要7天左右才能被作物吸收利用。

综上所述，碳铵和尿素在水产养殖中各有其特点和优势，选择使用哪种肥料取决于具体的养殖条件和目标。