南山站是深圳地铁11号线和深圳地铁12号线的换乘站，位于南山大道与桂庙路(滨海大道)的交叉路口，深圳地铁11号线站台沿桂庙路至滨海大道布置。
深圳地铁11号线全长53.536千米，其中地下线40.949千米，高架线11.136千米，过渡段1.451千米，共设置19座车站，地下站15座，高架站4座，列车设计时速为120千米/小时，采用8节编组A型列车，其中6节编组为普通车厢，2节为商务车厢。
深圳地铁11号线起于岗厦北站，途经福田区、南山区、宝安区，贯穿大空港地区、城市商务区，前海、后海片区，止于碧头站。
深圳地铁12号是深圳地铁新建的一条地铁线路，于2022年11月28日开通运营。
深圳地铁12号线一期工程起于左炮台东站，途经南山区、宝安区，串联前海蛇口自贸片区、南山中心片区、宝安中心片区、西乡片区、机场东片区、福永片区、大空港片区及会展片区等地区，止于海上田园东站，二期工程延伸至松岗。
深圳地铁12号线一期全长40.56千米，共设33座车站，采用6节编组A型列车，采用自动化无人驾驶技术，最高运营速度80千米/小时。