在Magic3D中缩小孔直径的方法如下：

打开你要编辑的3D模型。

选择你要修改的孔对象。

在属性面板中找到“直径”选项，然后输入你想要的孔直径。

如果你想要等比例缩放孔的直径，可以按住Shift键并拖动缩放控制器，或者在属性面板中选择“等比例缩放”选项。

确认修改后，保存你的3D模型。

请注意，具体的操作步骤可能会因Magic3D版本的不同而略有差异。如果你遇到任何问题，建议查看Magic3D的官方文档或者寻求技术支持的帮助。