广东港澳通行证和四川港澳通行证虽然都是中华人民共和国颁发的，但是由于不同地区的管理和限制标准不同，两者之间还是有些区别的。

首先，广东与四川在地理位置上就有较大差异，广东毗邻香港和澳门，交通便利，因此广东港澳通行证更加普及。而四川则位于中国中部，到港澳的距离较远，所以四川港澳通行证的需求量不如广东那么大。

其次，申请港澳通行证的条件和材料要求也不尽相同。例如，广东港澳通行证需要符合一定的居住、工作或学习条件，同时需要提交个人详细资料、照片等材料。而四川则要求申请人提供的材料中必须包括户口簿原件等。此外，两者的办理时间和费用也有所不同。

需要注意的是，无论是广东港澳通行证还是四川港澳通行证，都是为了方便公民往返港澳地区而设立的，但在具体的规定和限制上可能存在差异，因此在申请前还需仔细了解相关要求。