房屋租金从合同签订之日后第三年开始递增的意思是在租房合同中规定，租房人在租住三年之后需要按照一定的比例递增支付租金。
这种做法主要是为了在保障房东利益的同时，鼓励租房人更长时间地租住同一房屋，降低租房的流动性。
但同时也要注意，递增的比例需要在合同中明确，并且不得违反相关法律法规。
另外，在签订合同前，租房人可以与房东协商涉及租金递增问题的条款，保护自身利益。
对于房屋租赁超出时间是否可以用押金抵扣房租的问题，各地的法律法规可能有所不同。一般情况下，租赁合同中通常会明确约定租金的缴纳时间和逾期后果。如果租客超出合同约定时间缴纳房租，房东有权根据合同约定要求支付逾期利息或罚金。
在没有特殊约定或当地法律另有规定的情况下，押金通常不能直接抵扣房租。租客应按时缴纳房租，避免产生违约责任。
根据我国税收法律，纳税人如果符合租房条件，可以在个人所得税申报时享受房屋租金扣除。
扣除标准是根据个人所在城市的平均房价及面积计算，每月最高不超过1500元（一线城市除外）。
如果实际租金超过这个标准，则可以按照实际支付的租金进行扣除。
这样的扣除可以有效减轻租房者的负担，同时也鼓励更多人选择租房居住。