合法，根据《中华人民共和国城乡规划法》第四十一条在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设的，建设单位或者个人应当向乡、镇人民政府提出申请，由乡、镇人民政府报城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。
宅基地盖厂房还需要进一步申请，因为农村房子在原来的基础上维修可以，从新盖都得跟村上打招呼，你要在宅基地上盖厂房肯定不行。
“房地一体”确权之后，只会给农民发放一个证书，即不动产权证。不动产权证除了像土地承包经营权证一样，是以后拆迁、有偿退出土地的凭证，还有一个好处，那就是可以用来抵押贷款。